01消化病科
上海交医院消化学科是以上海市消化疾病研究所的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家工程重点学科、上海市重点学科）、卫生部消化内科重点实验室、上海市消化内科临床医学中心和上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床质量控制中心。学科拥有正高级职称员工15人、副高者近20名；博士生导师12人（现职7人）、硕士生导师17人。现有医生56名。年消化科门诊量35万人次/年、内镜量超过7万人次/年。
02风湿免疫科
医院风湿免疫科是国内成立最早、独立拥有临床、研究所等配置完善的风湿病专科之一，整体实力强，医疗技术水平高，医疗安全保障好。学科在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、抗磷脂抗体综合征、炎性肌病、白塞病、成人斯蒂尔病、强直性脊柱炎等风湿性疾病的流行病学、发病机理、诊治策略等方面进行了30多年的持续探索，使得风湿性疾病患者的生存率大大提高，死亡率明显下降，生活质量有了极大的提高。其中以系统性红斑狼疮为代表的系统性自身免疫性疾病的诊治水平处于国内外领先水平。医院风湿免疫科是上海市风湿病学临床医学中心，上海市教委特色学科，上海交通大学重点学科，是风湿病学专业首批硕士和博士授予点单位及博士后流动站，上海市内科住院医师和风湿病专科医师规范化培训基地，拥有上海市风湿病学研究所，上海市临床检验质量控制中心自身免疫风湿性疾病参比实验室，和国家药品临床研究基地（风湿和免疫专业）。在年度中国最佳专科排名中，医院风湿科位列全国第二，并于今年入选国家临床重点专科建设项目。医院风湿科在风湿病及自身免疫病领域实力雄厚、成就斐然，在国内外享有盛誉。目前拥有正式床位张，在华东地区具有较强的辐射力，接收上海市内、医院转出的各种疑难及重症风湿性疾病患者，也承担了华东医院的风湿病疑难会诊，出色完成了大量难治性风湿病的诊治工作。此外，医院风湿科还是国内门诊量最大的风湿专科（超过15万人次/年），吸引了大量外地病人，并以疑难、危重病例居多，在国内外同行及广大病人中有良好的口碑。
03麻醉科
麻醉科为上海市麻醉学领先学科，卫生部麻醉药理临床基地和上海市住院医师临床技能培训基地。亚学科包括临床麻醉、SICU、慢性疼痛治疗、上海第二医科大学麻醉药理研究室和上海市卫生局针刺研究实验室。目前，医院麻醉科现共有手术室79间，日间手术室12间。至年，医院的年手术麻醉数超11万例，其中无痛诊疗(无痛胃肠镜和无痛人流)麻醉数达近例，日间手术3.5万多例，年完成总手术量、三四级重大手术量连续4年均在上海排名第1，业务范围涉及临床医疗的各种诊疗过程。医院麻醉科现有医生人，其中主任医师5名，副主任医师8名，主治医师40余人，住院医师64人，高级职称比例为12.75%；其中博士22人，硕士62人，本科18人，研究生学历为82.35%；麻醉护士36人。
04变态反应科
上海交通大学医学院附属医院过敏科（变态反应科）是过敏性疾病国家临床重点专科建设单位，是医院的特色专业之一，也是国内较早建立的过敏性疾病诊疗机构，目前与国际、国内多个高水平过敏防治机构保持学术交流与合作关系，在全国享有较高声誉。在过敏原诊断方面，涵盖吸入性、食入性、接触性、注射性过敏原。体外诊断方面拥有国际先进的过敏原全自动检测系统；体内诊断方面有常规的皮肤点刺试验、皮内试验、斑贴试验等；更开展有复杂高难的食物、药物等体内外激发试验，建立了较完整的过敏性疾病特异性和非特异性诊断体系。在过敏性疾病治疗方面，建立了标准化过敏原特异性免疫治疗中心（年国际过敏原标准化委员会/IQAP认证），开展有特异性与非特异性免疫治疗、中西医结合治疗、生物靶向治疗、联合脱敏、过敏原防控等特色防治措施，构建了较完备的过敏性疾病预防与规范化治疗体系。
05泌尿外科
上海交通大学医学院附属医院泌尿外科是具有悠久历史集医教研为一体的著名学科。是工程重点建设学科、上海交通大学医学院重点学科、上海市浦东新区泌尿外科重点学科群建设牵头单位。年至今每医院特色专科排名中名列前茅；年被卫生部评为"国家临床重点专科"。年科室内率先提出亚专业观念，科室逐渐形成了男科学、肾移植、泌尿系肿瘤、腔内泌尿外科、小儿泌尿外科、排尿功能障碍、前列腺疾病等亚专业。这些亚专业组不仅在诊断治疗上精益求精，在学术上也严格要求，不断开创新技术，提高了科室知名度。目前腹腔镜、输尿管硬镜与软镜、经皮肾镜等的腔内技术上已在科室普及开展，一些高难度的手术比如前列腺癌根治术，全膀胱切除术，复杂的肾癌根治术，肾部分切除术等已经成为科室的常规手术。
06生殖医学科
上海医院生殖医学中心是目前上海各级医疗机构中拥有国家批准证书最全面、开展辅助生殖技术最规范和整体实力最强大的生殖医学单位。医院已有年的历史，是上海最早开展辅助生殖技术的医疗单位，是上海市唯一获准开展供精人工授精(AID)；体外受精-胚胎移植(IVF-ET)；卵胞浆内精子显微注射(ICSI)及医院。年巳率先在上海地区开展人工受精技术服务。年由上海市卫生局批准建立上海市人类精子库，至今已经实施供精人工授精余例。成立于年的生殖医学中心，由著名的妇产科专家林其德教授和男科专家王益鑫教授领衔，从国内外引进了优秀人材，发展非常迅速，曾实现了二医系统多个零的突破，如首例卵胞浆内精子显微注射妊娠成功；首例绝经期妇女供卵试管婴儿妊娠成功；首例冷冻胚胎移植妊娠成功。医院生殖医学中心成立以来，由于管理严谨，实力雄厚，设备精良，各项操作以伦理导航，实施个性化、针对性的治疗方案，使得成功率达到了国内外先进水平，目前生殖医学中心的人工授精成功率稳定在20%以上，试管婴儿为40%左右。
07核医学科
上海第二医科大学附属医院核医学科始建于年，多年来以临床医疗需要为基础，以科研创新为目标，目前已经发展成为集医、教、研为一体，具有核素治疗、影像检查和体外分析等多元化项目的临床诊治及医技检查科室，在国内具有一定声誉和影响力。目前在编人员共17人。包括高级职称4人，中级职称9人；人员结构组成合理，大部分属中青年人员，医师系列中平均年龄约35岁左右，具有硕士以上学历占%，其中具有博士学位2人，有博士生导师1人。全科经过多年的研究创新积累，科室工作已从过去单纯的放射免疫检测发展到具有核医学体外及体内检测、影像检查与核素治疗等综合的特色专业科室，在全市率先开展全自动化学发光测定、SPECT-PET肿瘤代谢符合显像等先进诊断技术。